A Igreja Católica historicamente já se opôs radicalmente à Maçonaria, devido aos princípios supostamente anti-cristãos, libertários e humanistas maçónicos. O primeiro documento católico que condenava a Maçonaria data de 28 de Abril de 1738. Trata-se da bula do Papa Clemente XII, denominada In Eminenti Apostolatus Specula.
Após essa primeira condenação, surgiram mais de 20 outras, sendo que o Papa Leão XIII foi um dos opositores mais ferrenhos desta sociedade secreta datando a sua última condenação de 1902, na encíclica Annum Ingressi, endereçada a todos os bispos do mundo e em que se alarmava a necessidade urgente de combater a maçonaria, opondo radicalmente esta sociedade secreta ao catolicismo.
Apesar disso, há acusações sobre Paulo VI e alguns cardeais da Igreja de se relacionarem com uma loja. No entanto, todas as acusações carecem de provas. A condenação da Igreja é forte e não muda ainda que membros do clero se tenham associado de alguma forma à sociedade secreta.
No Brasil pertencente ao Império, havia clérigos maçons e a tentativa de alguns bispos ultra-montanos de adverti-los causou um conflito importante conhecido como Questão Religiosa. O bispo anti-maçónico principal desta época foi Dom Vital, bispo de Olinda. Recebeu um forte apoio popular, mas foi preso pelas autoridades imperiais, notoriamente favoráveis à maçonaria. Após ser libertado, foi chamado a Roma onde foi congratulado pelo Papa Pio IX, pela sua brava resistência, e foi recebido paternalmente e com alegria (o Papa, comovido, só o chamava de “Mio Caro Olinda“, “Mio Caro Olinda“).
Até 1983, a pena para católicos que se associassem a esta sociedade era a de excomunhão. Com a formulação do novo Código de Direito Canónico que já não condenava a Maçonaria explicitamente, muitos pensaram que a Igreja teria aceite a mesma, no entanto a Congregação para a Doutrina da Fé tratou de esclarecer o mal entendido e afirmar que permanece a pena de excomunhão para quem se associasse à maçonaria.
A perseguição à Maçonaria conduzida pela Igreja Católica dá-se, segundo alguns autores, pela existência do segredo maçónico, o que demonstrava não existir, por parte do clero, controlo sobre o que acontecia nas lojas, e pelo facto da maçonaria defender a liberdade religiosa, aceitando o ingresso de pessoas de qualquer religião.
O condenado era muitas vezes responsabilizado por uma “crise da fé”, pestes, terramotos, doenças e miséria social, sendo entregue às autoridades do Estado, para que fosse punido. As penas variavam desde a confiscação de bens e perda de liberdade, até à pena de morte, muitas vezes na fogueira, método que se tornou famoso, embora existissem outras formas de aplicar a pena.
Os tribunais da Inquisição não eram permanentes, sendo instalados quando surgia algum caso de heresia, sendo depois desfeitos. Posteriormente foram utilizados pelas igrejas protestantes tribunais religiosos e outros métodos judiciários de combate à heresia (como por exemplo, na Alemanha e na Inglaterra). Embora nos países de maioria protestante também tenha havido perseguições – neste caso contra católicos, contra reformadores radicais, como os anabaptistas, e contra supostos praticantes de bruxaria -, os tribunais constituíam-se no marco do poder real ou local, geralmente ad-hoc, e não como uma instituição específica.Em muitos casos também se queimavam em praça pública os livros avaliados pelos inquisidores como símbolos do pecado: “No fim do auto leu-se a sentença dos livros proibidos e mandar-se-ão queimar três canastras deles. Maio de 1624“.Neste momento, estamos diante da “apropriação penal” dos discursos, acto que justificou por muito tempo a destruição de livros e a condenação dos seus autores, editores ou leitores. Como lembrou Chartier: “A cultura escrita é inseparável dos gestos violentos que a reprimem”. Ao enfatizar o conceito de perseguição enquanto o reverso das protecções, privilégios, recompensas e pensões concedidas pelos poderes eclesiásticos e pelos príncipes, este autor retoma os cenários da queima dos livros que, enquanto espectáculo público do castigo, inverte a cena da dedicatória.
