A Maçonaria Especulativa surgiu durante o período da reforma protestante. James Anderson, o autor da Constituição de Anderson, era notoriamente um pastor prebisteriano.
Martinho Lutero foi apoiado por vários religiosos e governantes europeus provocando uma revolução religiosa, iniciada na Alemanha, e estendendo-se pela Suíça, França, Países Baixos, Reino Unido, Escandinávia e algumas partes do Leste europeu, principalmente os Países Bálticos e a Hungria. A resposta da Igreja Católica Romana foi o movimento conhecido como Contra-Reforma ou Reforma Católica, iniciada no Concílio de Trento.
Imediatamente após o início da Reforma Protestante, a Igreja Católica Romana decidiu tomar medidas para refrear o avanço da Reforma. Realizou-se, então, o Concílio de Trento (1545–1563), que resultou no início da Contra-Reforma ou Reforma Católica, na qual os Jesuítas tiveram um papel importante. A Inquisição e a Censura exercida pela Igreja Católica foram igualmente determinantes para evitar que as ideias reformadoras encontrassem divulgação em Portugal, Espanha ou Itália, países católicos.
O principal acontecimento da contra-reforma foi o Massacre da Noite de São Bartolomeu. As matanças, organizadas pela casa real francesa, começaram em 24 de Agosto de 1572 e duraram vários meses, inicialmente em Paris e depois noutras cidades francesas, vitimando entre 70.000 e 100.000 protestantes franceses (chamados huguenotes).
Um dos pontos de destaque da reforma é o facto dela ter possibilitado um maior acesso à Bíblia, graças às traduções feitas por vários reformadores (entre eles o próprio Lutero) a partir do latim para as línguas nacionais. Tal liberdade fez com que fossem criados diversos grupos independentes, conhecidos como denominações. Nas primeiras décadas após a Reforma Protestante, surgiram diversos grupos, destacando o Luteranismo e as Igrejas Reformadas ou calvinistas (Presbiterianismo e Congregacionalismo). Nos séculos seguintes, surgiram outras denominações reformadas, com destaque para os Baptistas e os Metodistas.
A seguir, uma tabela ilustrando o surgimento através dos séculos das diferentes correntes ou ramos do Protestantismo:
