Apolónio foi referenciado pelos primeiros padres da Igreja, como, por exemplo:
• Justino, no ano 160 d.C., considerou-o como um importante líder espiritual no I Século da nossa era e afirma: “Se Deus é construtor e Mestre da Criação, como é que os objectos consagrados de Apolónio têm poder sobre a Criação? Pois nós podemos ver que controlam a fúria das ondas e a força dos ventos, os cantos dos vermes e os ataques dos animais selvagens”;
• Eusébio de Cesareia (263–339), que foi o primeiro historiador da Igreja Cristã, numa carta a Hiérocles admite que Apolónio era um homem sábio e virtuoso, mas em Contra Hieroclem refere que não havia provas suficientes dos milagres que operava e, se porventura esses milagres fossem verdadeiros, não poderiam ser obra senão do demónio;
• S. Jerónimo (331–420) relata uma grande história sobre uma competição de milagres entre Apolónio e São João, em que descreve exaustivamente a derrota de Apolónio.
A partir de então a Igreja, salvo algumas excepções, passou a associar a imagem de Apolónio a um anticristo pagão. A partir desse momento, Apolónio de Tiana tinha de ser esquecido, destruído, pois na nova crença que emergia no panorama religioso da época, não era compatível coexistirem dois líderes espirituais similares. Como podem co-existir dois Jesus?