A Monsanto foi fundada em St.Louis, no Missouri, em 1901, por John Francis Queeny, um veterano da indústria farmacêutica. Queeny financiou o arranque da empresa com o seu próprio dinheiro e com o capital de uma distribuidora de refrigerantes, e baptizou a empresa com o nome de solteira da sua esposa. O seu sogro era Emmanuel Mendes de Monsanto, um financeiro rico de uma empresa de açúcar activa em Vieques, Porto Rico, e com sede em St.Thomas, nas Índias Ocidentais Dinamarquesas. O primeiro produto da empresa foi a Sacarina, adoçante artificial, que foi vendido à Coca-Cola. A empresa introduziu também a Cafeína e a Vanilina na Coca-Cola, e tornou-se numa das principais fornecedoras dessa multinacional.
Em 1919, a Monsanto estabeleceu a sua presença na Europa através da celebração de uma parceria com a Chemical Graesser Works de Cefn Mawr, perto de Ruabon, no País de Gales, para produzir vanilina, ácido salicílico, aspirina e mais tarde também borracha.
Na sua terceira década de existência, a década dos anos 20, a Monsanto expandiu a sua produção para os químicos industriais básicos, tais como o ácido sulfúrico, e a década terminou com o filho de Queeny, Edgar Monsanto Queeny a assumir a presidência da empresa, em 1928.
Os anos 40 presenciaram uma Monsanto que se tornou na líder do fabrico de plásticos, incluindo o poliestireno e as fibras sintéticas. Desde então, manteve-se como uma das 10 maiores empresas químicas dos EUA. Outros produtos importantes fabricados pela empresa incluíram os herbicidas 2, 4, 5-T, o DDT, o Agente Laranja usado principalmente durante a Guerra do Vietname como agente desfolhador (posteriormente descobriu-se que terá sido contaminado com dioxinas altamente cancerígenas, durante a sua produção), o adoçante artificial Aspartame (NutraSweet), Somatotropina Bovina (hormona de crescimento bovina (BST)), e PSB (Bifenil policlorados, ou também conhecida como Ascarel), uma substância extremamente tóxica, que foi proibida em 1971 nos EUA. A Monsanto desenvolveu o projecto Dayton, também nesta década, e mais tarde criou os laboratórios Mound, em Miamisburg, Ohio, designados especificamente para o Projecto Manhattan, para o desenvolvimento das primeiras armas nucleares, e, depois de 1947, a Comissão de Energia Atómica.
A Monsanto começou a produzir DDT em 1944, juntamente com cerca de 15 outras empresas. Este insecticida foi muito bem-vindo na luta contra os mosquitos transmissores da Malária. O uso de DDT nos E.U.A. foi, no entanto, banido pelo Congresso em 1972, devido em grande parte, aos esforços dos ambientalistas, que persistiram no desafio proposto por Rachel Carson no seu livro “Silent Spring” de 1962, o qual procurou informar o público dos efeitos secundários associados ao DDT. No final da década, a Monsanto adquiriu a American Viscose da Família inglesa Courtauld, em 1949.
Em 1954, a Monsanto fez parceria com a gigante química alemã Bayer para formar a MoBay e comercializar poliuretanos nos E.U.A.
A Monsanto foi pioneira na optoelectrónica nos anos 70. Em 1968 tornaram-se na primeira empresa a iniciar a produção em massa de “Light Emitting Diodes” (LEDs) visíveis, usando fosfeto de arsenieto de gálio. Isto marcou o inicio da era das luzes no estado sólido. De 1968 a 1970 as vendas duplicaram a cada poucos meses. Os seus produtos (LEDs discretos e segmentos de exibição de sete dígitos) tornaram-se os padrões da indústria. Os principais mercados alvo foram então as calculadoras electrónicas e os relógios digitais.
Nas décadas de 60 e 70, a Monsanto tornou-se numa de 10 produtores do Agente Laranja para as operações militares dos EUA no Vietname.
Em 1980, a Monsanto estabeleceu o prémio Edgar Monsanto Queeny para a Segurança, em homenagem ao seu antigo presidente (1928–1960), para encorajar a prevenção de acidentes.
Os cientistas da Monsanto tornaram-se os primeiros a modificar geneticamente células de uma planta, em 1982. Cinco anos depois, a Monsanto conduziu os primeiros testes de culturas geneticamente modificados no terreno.
Através de processos de fusões ou Spin-offs entre 1997 e 2002, a Monsanto fez uma transição, deixando de ser um gigante químico, para tornar-se num gigante de biotecnologia. Parte desse processo envolveu a venda por parte da Monsanto, em 1999, da fábrica de fenilalanina à Great Lakes Chemical Corporation (GLC), por 125 milhões de dólares. Em 2000, a GLC processou a Monsanto devido a uma quebra de 71 milhões de dólares em relação às vendas expectadas.
Em 2001, um químico reformado da Monsanto chamado William S. Knowles, foi nomeado co-vencedor do Prémio Nóbel da Química pela sua pesquisa sobre a hidrogenação catalítica assimétrica, que foi realizada primariamente na Monsanto, na década de 60, até à sua reforma em 1986.
Ao longo de 2004 e 2005 a Monsanto abriu processos contra muitos agricultores no Canadá e nos E.U.A. no âmbito da violação de patentes, mais especificamente o cultivo de sementes contendo os genes patenteados pela Monsanto, por parte dos agricultores. Em alguns dos casos os agricultores alegaram que as sementes foram semeadas involuntariamente, tendo sido trazidas pelo vento, vindas de safras vizinhas, alegação essa rejeitada no caso Monsanto Canada Inc. contra Schmeiser. Essas instâncias começaram em meados do meio até ao final da década de 90, sendo que um dos casos mais significativos foi decido em favor da Monsanto, pela Suprema Corte do Canadá. Com uma votação de 5-4, no final de Maio de 2004, o tribunal decidiu que “ao cultivar uma planta contendo o gene patenteado e composto por células patenteadas sem licença, os recorrentes (Percy Schmeiser, produtor de Colza), privaram os acusadores da total exploração da sua patente”. Com esta decisão, os tribunais canadianos seguiram o Supremo Tribunal dos E.U.A. na sua decisão sobre questões de patentes envolvendo plantas e genes.
Em Fevereiro de 2005, a Monsanto fez pedidos de patente sobre técnicas para a criação de suínos que, iriam conceder-lhes a propriedade de todos os porcos nascidos de tais técnicas e todos os rebanhos relacionados. A Greepeace afirma que a Monsanto está a tentar reivindicar a propriedade sobre técnicas de criação comuns. A Monsanto alega que a patente é uma medida preventiva para rastrear os animais do seu sistema. A empresa acrescenta ainda que o método patenteado utiliza um aparelho de inseminação especializado que exige menos espermatozóides do que normalmente é necessário.
Em 2006, a Public Patent Foundation apresentou pedidos, juntamente com a United States Patent and Trademark Office para revogar quatro patentes que a Monsanto tem usado nos seus processos de patentes contra os agricultores. Na primeira ronda de re-examinação, todas as quatro patentes foram revogadas pelo Escritório de Patentes, em quatro decisões distintas, datadas desde Fevereiro até Julho de 2007. A Monsanto tem, desde então, apresentado respostas às re-examinações.
Em Outubro de 2008, a divisão canadiana da empresa, a Monsanto Canada Inc. foi nomeada pela MediaCorp Canada Inc. como uma das empregadoras presentes no Top 100 do Canadá, algo que foi apresentado na revista Maclean’s. Mais tarde nesse mesmo mês, a Monsanto Canada Inc. foi também nomeada como uma das empregadoras de topo pela Manitoba, algo que foi anunciado pelo jornal Winnipeg Free Press.
Em Janeiro de 2010, a Monsanto foi nomeada empresa do ano pela revista Forbes.
Ex-funcionarios da Monsanto que ocuparam/ocupam cargos governamentais
Ex-funcionários da Monsanto ocupam actualmente cargos em orgãos do governo dos EUA, como a Food and Drug Administration (FDA), a United States Environmental Protection Agency (EPA) e o Supremo Tribunal. Ex-funcionários tais como Clarence Thomas, Michael R. Taylor, Ann Veneman, Linda Fisher, Michael Friedman, William D. Ruckelshaus e Mickey Kantor. No caso de Linda Fisher, esta andou para trás e para a frente entre cargos na Monsanto e na EPA.
