Desde meados da década de 90 que a Monsanto processou cerca de 150 agricultores norte-americanos por violação de patentes no âmbito das suas sementes geneticamente modificadas. As alegações habituais envolvem a violação de um acordo de tecnologia, que proíbe os agricultores de guardar sementes de cultura de uma estação para a próxima, uma prática agrícola comum. Um agricultor recebeu uma pena de oito meses de prisão por violar uma ordem judicial de destruir as sementes, além de ter tido de pagar uma indemnização, quando um caso da Monsanto se tornou num processo criminal.
Em 2003, a Monsanto processou a Lacticínios Oakhurst do Maine por anunciar que os seus produtos lácteos não provêm de vacas tratadas com a hormona de crescimento bovino, alegando que essa publicidade fere a imagem do seu negócio. O presidente da Oakhurst respondeu às alegações da seguinte forma:
«Deveríamos ter o direito de permitir que as pessoas saibam o que está e o que não está no nosso leite.»
Pelo facto da Monsanto ser especializada na produção de sementes geneticamente modificadas para culturas de milho, soja e algodão, a empresa tem interesse financeiro em proteger a sua propriedade intelectual. Essas patentes são apoiadas pelo governo dos EUA sob considerações de comércio livre, embora a quota de mercado da Monsanto em relação à compra de sementes seja grande e deixe pouca margem de escolha entre a Monsanto e a sua principal concorrente, a Dupont. Esta engenharia genética tem trazido mais problemas do que apenas dominar o mercado.
Em 1998, foram descobertos genes patenteados pela Monsanto em canola cultivada na fazenda de Percy Schmeiser. Como consequência, a Monsanto processou Percy Schmeiser por violação de patente para o cultivo de canola resistente a Roundup geneticamente modificada. O juiz determinou que Schmeiser tinha plantado as sementes de forma deliberada, deliberando que a violação “não resultou apenas da da contaminação ocasional ou limitada da sua canola susceptível a Roundup, por plantas que são resistentes a esse herbicida. Plantou a sua safra para 1998, com as sementes que sabia ou deveria saber serem tolerantes a Roundup.” Este mediático caso, Monsanto Canada Inc. contra Schmeiser foi até ao nível do Supremo Tribunal. O caso de 1998 foi retratado na imprensa como um confronto clássico de David contra Golias.
Trish Jordan, uma representante da Monsanto comentou: “Estas são notícias muito boas para nós, o Sr. Schmeiser violou uma patente nossa.” Após anos de disputas judiciais, em 2004 o caso foi ouvido pela Suprema Corte do Canadá. O Tribunal de Justiça decidiu em favor da Monsanto, rejeitando o argumento de Schmeiser de que, ao não usar o herbicida Roundup na canola, não terá assim “usado” o gene da planta. O Tribunal considerou que a agricultura é uma actividade que requer intervenção humana, e como tal, ao plantar as culturas, Schmeiser estava a “usar” o gene da planta. No entanto, Schmeiser também obteve uma vitória parcial, com a Suprema Corte em desacordo com as indemnizações deliberadas pelo juiz de instrução. A Suprema Corte afirmou que por Schmeiser não ter obtido qualquer lucro com a sua infracção, nada deve à Monsanto em relação a danos. Embora o montante das indemnizações fosse baixo (19.382 dólares), tal também significou que Schmeiser não teve de pagar contas jurídicas substanciais à Monsanto.
O caso fez com que as tácticas de coacção da Monsanto tivessem ganho destaque na imprensa ao longo dos anos em que se arrastou.
A Monsanto pediu a funcionários aduaneiros espanhóis que inspeccionassem carregamentos de farelo de soja para determinar se estariam a usar tecnologia “Roundup Ready“. A Monsanto alega que 30% da produção argentina usa sementes Roundup Ready compradas no mercado negro. A empresa fez um pedido para que se alterasse o sistema de colecta de royalties, para que os royalties fossem recolhidos no momento da colheita e não na compra das sementes.
