De acordo com um documento anónimo de 2001, obtido pelo Centro de Integridade Pública dos EUA, a Monsanto foi identificada pela Agência de Protecção Ambiental dos EUA como sendo “uma parte potencialmente responsável” por 56 locais contaminados (locais com instalações da Monsanto) nos Estados Unidos. A Monsanto tem sido processada, várias vezes por prejudicar a Saúde dos seus empregados ou moradores próximos aos locais onde está estabelecida, através de poluição e envenenamento.
Em 2004, o Concelho para o Habitat da Vida Selvagem e a Agência de Protecção Ambiental, presentearam a Monsanto com um certificado especial de reconhecimento, durante o 16º Simpósio Anual da agência.
A Monsanto é a maior produtora de herbicidas de glifosato através da sua marca popular Roundup.
O director de comunicações corporativas da Monsanto, Phil Angell (referindo-se à Food and Drugs Administration (FDA) americana) explicou a filosofia de regulamentação da empresa a Michael Pollan em 1998: “A Monsanto não deveria outorgar a segurança dos alimentos geneticamente modificados. O nosso interesse está em vender o máximo possível. Garantir a segurança dos alimentos é trabalho da FDA.”
