Os europeus têm vindo a resistir aos alimentos geneticamente modificados desde há muito tempo. A Monsanto tem vindo a enfrentar forte resistência da União Europeia em relação ao seu portfolio de alimentos geneticamente modificados. A aprovação da UE é importante para a Monsanto, porque a sua posição sobre alimentos geneticamente modificados pode influenciar o debate global sobre este tema. A indústria dos transgénicos não obteve a aprovação incondicional da opinião pública na UE. Foram aprovadas várias leis sobre este assunto, e a legislação da UE de 2003 requereu regras estritas sobre a rastreabilidade, rotulagem e avaliações de riscos de alimentos transgénicos a todas as empresas de biotecnologia. O regulamento de 2004 estabelece as modalidades relativas à rastreabilidade e rotulagem de organismos geneticamente modificados (OGM) e a todos os produtos produzidos com OGM. A legislação de rotulagem obrigatória estende-se a todos os alimentos e ingredientes alimentares produzidos a partir de OGM, independentemente da presença detectável do ADN ou proteína GM no produto alimentar final. Estas acções afectaram gravemente a Monsanto, tendo por exemplo a rotulagem dos alimentos GM estigmatizado os alimentos desse género perante os consumidores. Na UE tem havido uma moratória sobre a aprovação de novas culturas GM desde 1998, causada pela ansiedade do público em relação aos potenciais riscos envolvendo os alimentos transgénicos.
A Monsanto tem pedido aos governo dos EUA para exercer a sua forte pressão sobre a legislação da União Europeia para a introdução dos alimentos transgénicos. Depois de algumas acções na França que baniram um variedade de milho transgénico da Monsanto, a embaixada norte-americana recomendou que “fosse calibrado uma lista de retaliação a alvos que causasse incómodo à UE“.