Em 1971, o governo dos EUA entrou com uma acção contra a Monsanto sobre a segurança do seu produto original, sacarina. A Monsanto acabou por ganhar o caso após vários anos em tribunal.
A Monsanto foi processada, juntamente com a Dow e outras empresas químicas por veteranos de guerra, por causa dos efeitos secundários do seu Agente Laranja, usado pelos militares dos EUA na guerra do Vietname.
A Monsanto foi réu no julgamento civil mais longo da história dos EUA: Kemner contra Monsanto. Este processo decorreu de Fevereiro de 1984 a Outubro de 1987. O caso envolveu um grupo de queixosos, que alegaram ter sido envenenados por dioxinas num derramamento químico em 1979, que ocorreu em Sturgeon, Missouri.
Em 2000, a GLC processou a Monsanto pelo deficit de vendas esperadas de 71 milhões de dólares.
Em 2004, a maior empresa do mundo de tóxicos agrícolas, a Syngenta da Suiça, lançou um processo nos EUA acusando a Monsanto do uso de táticas coercivas para monopolizar os mercados. Têm havido diversos processos entre a Monsanto e a Syngenta.
Em 2005, o Departamento de Justiça dos EUA arquivou um acordo judicial no qual a Monsanto admitiu violações ao Acto de Práticas Corruptas no Estrangeiro (Foreign Corrupt Practices Act) tendo também efectuado entradas falsas nos seus livros e registos.
No final de 2006, o Tribunal Correcional de Carcassone, na França, condenou dois directores da subsidiária da Monsanto, a Asgrow, ao pagamento de 15 mil euros como multa relativa ao seu conhecimento da presença de Organismos Geneticamente Modificados não autorizados em sacos de sementes importadas pela Asgrow em 13 de Abril de 2000.
Na terça-Feira, 30 de Novembro de 2010, foi ordenado que a Beterraba Sacarina GMO da Monsanto fosse destruída. Um juíz federal ordenou a destruição das plantações de beterraba geneticamente modificada desenvolvida pela Monsanto, após decisão anterior ilegal por parte do Ministério da Agricultura dos EUA em ter aprovado o cultivo desta biotecnologia.
